En realidad creo que mi principal problema viene porque no sé cuál es la mejor forma para representar la cota del mar.
El modelo está afectado por la cota de la marea, de forma que establezco una condición de salida según un nivel dado (aquí pongo la cota de la marea). 

Los resultados que obtengo en el informe de cálculo son los que comento anteriormente, donde el caudal total de entrada y salida del modelo es mucho mayor que el que introduzco yo mediante hidrogramas.
Además, si se analizan las velocidades con lo de "mostrar vectores" se puede ver que en el primer paso el agua circula desde el punto final hacia arriba. En el siguiente paso el agua circula en el sentido habitual pero en la zona final se ve una especie de remolino (como si el agua entrase al modelo por un lado y saliese por otro).

¿Por qué me puede estar pasando esto? ¿Aplico algo mal? 

Muchas gracias
Un saludo